Im Jahr 2202, drei Jahre nach der Invasion der Gamillas in das Sonnensystem, haben die Menschen im Sonnensystem endlich Frieden. Die Biosphäre der Erde wurde mit dem Cosmo Reverse System wiederhergestellt, das die Yamato am Ende von Space Battleship Yamato 2199 mitgebracht hat. Mit dem Ende des Krieges gibt es einen Friedensvertrag zwischen der Erde und Gamillas, der ihre militärische Bindung stärkt und den wahren Frieden sichert. Neben dem Wiederaufbau der Erde bilden die gemeinsamen Kräfte eine neue intergalaktische Verteidigungsflotte mit einem neuen Schiff, der Andromeda, als neuem Symbol der Macht. Die Erde befindet sich auf einem Weg der militärischen Expansion, obwohl Starsha Iscandar Frieden wünscht, und entwickelt trotz der Vereinbarung zwischen Starsha und der Crew der Yamato neue Formen der Wave Motion Gun.
Als eine neue Bedrohung namens Gatlantis, auch bekannt als das Imperium des Weißen Kometen, anfängt, in der neu reformierten Galaxie Verwüstung anzurichten, ruft die Göttin Teressa die Yamato erneut auf den Plan, um gegen die neue Bedrohung zu kämpfen.